夏侯瑾軒是四大世家之一夏侯家的少爺，一日在票號查完賬，到明州城街上逛，偶遇了賣藝的瑕姑娘和謝滄行。瑕不小心打碎了夏侯瑾軒的玉墜，便跟隨瑾軒到府上賠償。瑾軒正好遇到父親在討論折劍山莊品劍大會一事，於是在歐陽家四弟子姜承的護送下趕赴折劍山莊，一來爲歐陽英成爲武林盟主道賀，二來參與品劍大會。瑕和謝滄行也跟隨，作爲瑾軒的護衛。在路途中夏侯瑾軒一行遇到了神秘的女子暮菖蘭，她爲枯木所僱，來跟隨夏侯瑾軒和姜承。在暮菖蘭的誘導下，她加入一行人共同前往折劍山莊。

途徑千峯嶺，姜承遇到了魔族山賊厲巖，厲巖告訴姜承他有魔族之氣，從此便開啓了他淪爲魔族棋子的不歸路。夏侯瑾軒在折劍山莊外雪石路上被雪女施法蠱惑，進入幻境，雪女化身爲瑕，藉以引誘夏侯瑾軒入彀。在雪女締造出的幻境中，瑕成爲了一位知書達禮的姑娘，令夏侯瑾軒傾心動容。雪女被衆人打敗以後，瑾軒終於被救出幻境，而他卻真的對瑕姑娘產生了情愫。

姜承與歐陽家二小姐歐陽倩兩情相悅，使得大弟子蕭長風頗爲嫉恨，於是在品劍大會比武會場上當衆向姜承挑戰。蕭長風眼見不敵姜承，便痛下狠手，姜承情急之下魔氣發作，重傷蕭長風。豈料在風平浪靜的江湖之下，卻有着四大世家爭鬭的暗流涌動。皇甫門主一鳴覬覦武林盟主已久，便因此藉題發揮，散佈姜承是妖魔之說，意圖使歐陽家內亂，便可奪取盟主之位。歐陽英迫於身份，不得不將姜承逐出門牆。

夏侯瑾軒帶姜承離開中原散心，皇甫一鳴也派少主皇甫卓跟隨姜承打探，一行人來到司雲崖，遇到了神奇的雲來石。藉助雲來石，瑾軒一行人飛到了樓蘭。在樓蘭城外瑾軒遇見了龍溟與凌波，凌波是蜀山派弟子，二人前來尋找可救魔界夜叉族的至寶。樓蘭河水改道，孤城立於沙漠中，荒廢已久，但卻只見人進不見人出。瑾軒一行與龍溟進入樓蘭城，纔知由於水源乾涸，樓蘭市民不得不深挖水井，不料卻驚動了樓蘭王陵寢。樓蘭王鬼魂大怒之下，施法封印樓蘭城，將市民悉數困於樓蘭城不得出，若非頻頻降雨，市民早已乾渴而死。夏侯瑾軒和龍溟一行消滅了樓蘭王的魂魄，封印終於解除。乘雲來石回歸中原途中遇到佈雨神龍，纔曉得樓蘭城的降雨乃神龍不忍人類圍困乾渴，違背天條私自降雨，如今圍城已破，神龍也要回天庭受罰。

瑾軒一行人來到開封皇甫家，想央求皇甫一鳴門主爲姜承開脫，卻不知折劍山莊又生變故，本已重傷的恢復的大弟子蕭長風，被枯木暗中殺害。這筆賬自然也算到了姜承頭上，於是姜承走投無路之下只得逃脫。皇甫卓本想向父親求情，卻被重罰。夏侯瑾軒回家求助，被父親大罵，要瑾軒將姜承之事置之度外，以免引火燒身。瑾軒只能向二叔夏侯韜請求，再次外出尋找姜承。

瑾軒在千峯嶺山寨終於找到了姜承，而姜承卻不願回去。情急之下被苗女結蘿下蠱昏睡，豈料瑕姑娘卻一睡不醒。姜承得知終於願出手幫助，便與厲巖一同前往結蘿故鄉苗疆尋求結蘿師父幫助。不料青木居結蘿師父也對瑕束手無策，只覺瑕非死非活，不同小可。

瑾軒只能帶瑕一同前往蜀山，一來爲瑕求醫，二來求證姜承有魔氣之事。蜀山草谷道長看到瑕，發覺瑕身染魔氣，只需驅魔即可。不料驅魔之後瑕卻越發虛弱，只得放棄。一天深夜，瑾軒卻發現龍溟獨身闖入蜀山，意圖奪取神農鼎。凌波本欲阻止，卻遲遲不能下手。待夏侯瑾軒趕到，便與一同進入禁地，解除了三皇封印，助龍溟取走了神農鼎。

凌波和龍溟都身受重傷，只得躲到了蜀山下的一個山洞之中。龍溟乃魔界夜叉族國王，取神農鼎乃爲解決魔界水源乾涸。儘管重傷，龍溟還是將凌波留在山洞中，隻身前往神降秘境取水靈珠。不料在神降秘境中，龍溟終於傷勢發作，不敵守護骨蛇，身死其中。龍溟死前將其胞弟龍幽託付給枯木，希望能完成他的進攻人界的大業。凌波也終於不能爲繼，冰封洞中。夏侯瑾軒追到神降秘境，看到龍溟長槍，只道來晚，但終究還是取回了神農鼎。

本以爲爲蜀山取回神器可求蜀山爲姜承洗刷罪名，夏侯瑾軒卻被蜀山告知姜承確係妖魔。與此同時皇甫家進攻了千峯嶺，見姜承不在就殺光了山寨。瑾軒找到姜承，一同前往了折劍山莊。折劍山莊在皇甫一鳴的部署下已經準備好了逮捕姜承，在衆人的責難下，姜承終於萬念俱灰，從此與歐陽世家一刀兩斷，爲世所離棄，更名姜世離。瑾軒暗中幫助姜世離逃跑後，仍希望幫助姜世離洗刷罪名。枯木指引姜世離前往蚩尤塚，一行人來到蚩尤塚，終於喚醒了姜世離的蚩尤血脈，成爲了覆天頂魔君。厲巖和結蘿成爲姜世離手下，名喚血手和毒影。

夏侯瑾軒只見無法挽回姜世離，只得暫且作罷。暮菖蘭終於對枯木忍無可忍，向夏侯瑾軒告知了她曾經向枯木出賣過他們。原來是因爲暮菖蘭爲了賺錢就自己的哥哥和村人。心痛之下，暮菖蘭決定回到故鄉暮靄村，瑾軒和瑕也跟着來到。來到暮靄村，卻發現這裏不見天日，陰森可怖，更奇怪的是暮菖蘭的哥哥暮檀桓仍是一個十二三歲的少年。原來暮檀桓和全村村民在十六年前就已經死了，是靠着鬼氣活了下來。如今村中了無生機也是因爲暮檀桓讓山神一直維持着十六年前的鬼界裂隙，使得鬼氣源源不斷。而瑕的身體竟然也是靠類似的力量活了下來。

夏侯瑾軒一行回到蜀山告訴草谷道長暮靄村和瑕的情形，問是否可有救藥。草谷道長說東海福地中長有「誓緣枝」，可煉成固魂丹，便可使魂魄與軀體合一。因此夏侯瑾軒決定出海尋找丹藥。大海茫茫，要想出海絕非易事，況且必須要有大船，方可在遠海航行。瑾軒只能回家向父親請求出海，不料父親斷然拒絕，而二叔也臥病在牀。瑾軒想要瞞天過海，卻被父親發現。瑾軒不得不動之以情，說要到海外歷練，纔勉強讓父親同意。

瑾軒一行在海上觸礁，漂流到了冰晶島上，遇到冰麟長老。幫助冰麟消滅了盤踞海島的大螃蟹以後，冰麟將誓緣枝送給了瑾軒，並叮囑瑾軒儘快回中原，不可久留。瑾軒一行被冰麟傳送到了開封城外的丹楓谷，見到可疑人物，於是順道前往開封知會皇甫卓。來到皇甫府，皇甫卓竟然大驚失色，說瑾軒一去五年音信全無。瑾軒纔知自己成了爛柯人，仙境的確是凡人不可久留之地。

然而過去的這五年中，姜世離在枯木的指使下創立了淨天教，並封了八大尊者，更以血手、毒影、無天、枯木爲憑，與天下武林爲敵。姜世離還帶走了歐陽倩小姐。四大世家正準備齊聚蜀山商討共禦魔教，於是皇甫卓就和夏侯瑾軒一行一同去了蜀山。回到蜀山，纔知謝滄行竟然是草谷師弟，道號罡斬。草谷用誓緣枝煉成了固魂丹，瑕服下以後終於除去了魔氣，成爲了正常人。暮菖蘭也將固魂丹帶給村人服用，山神不再維持鬼界裂隙，暮靄村終於撥雲見日。而魔教卻突然趁鎖妖塔封印鬆動之時進攻蜀山鎖妖塔，太武、一貧、青石、玉書、草谷均去施法加強封印，罡斬一人前去對付姜世離。只見姜世離帶着血手和枯木來到了鎖妖塔，意圖破除封印，打開神魔之井。罡斬以平生功力加強了封印，重傷了枯木，姜世離纔不得不退去，而罡斬卻也因此解甲逝去。

夏侯瑾軒回到家中，告訴父親二叔已被淨天教殺害。夏侯彰悲痛欲絕，將瑾軒打昏以後帶全部弟子前往覆天頂進攻魔教。瑾軒幾天以後醒來，前往覆天頂追趕父親。無天尊者唐風發覺枯木的陰謀以後，設計詐死逃跑，於是姜世離把唐風關押了起來。夏侯彰帶領弟子攻到覆天頂，只見枯木隻身迎敵，這時枯木摘下了面具，露出了夏侯韜的面目。枯木乃施展縛魂術佔據了夏侯韜的軀體，潛藏夏侯府中二十年。夏侯彰看到胞弟以後放鬆了戒備，卻被枯木一擊而殺。

夏侯瑾軒趕到覆天頂，只見父親被殺，悲痛欲絕，見到二叔竟然就是枯木，更是悲恨交加，於是以平生之力殺了枯木佔據的二叔。豈料在最後一刻，枯木卻重擊了瑕，只見瑕奄奄一息，瑾軒立刻召喚雲來石前往蜀山求救。在路上，瑕氣息漸弱，無法堅持了，瑾軒只能以瑕生前的願望帶她去司雲崖下葬。來到司雲崖以後，枯木的靈魂突然佔據了瑕的身體，藉助瑕手中的劍在懷中給了瑾軒重重一擊，幸而被瑕送給瑾軒的玉石格擋住了。

趁着枯木剛剛佔據瑕的身體，還沒有完全掌控，夏侯瑾軒便要殺了枯木。可惜枯木雖不能完全操控瑕，也有幾百年的功力可抵，瑾軒漸漸支撐不住。而瑕的靈魂卻不甘就此被佔據，和枯木展開了殊死搏鬭。最終枯木終於沒有完全掌控瑕，瑾軒衝上去拉瑕的手，和瑕一起墜落到了懸崖下。暮菖蘭趕來時，只見懸崖邊上空空，悵立在司雲崖邊上。

沒有了枯木的輔佐，覆天頂終於被四大世家和蜀山攻陷，姜世離被封印在鎖妖塔下，血手被玉書和青石封抓捕，毒影發誓一定會報仇。唐風帶歐陽倩逃離了覆天頂，隱居在青荷鎮邊的山上，歐陽倩爲腹中子取名雲凡，希望他能平安幸福。而唐風的幼女雨柔卻也在混亂中身受重傷，被草谷道長用血玉保存住了生命，二十年後須再續命。